שפכים עירוניים סניטריים מכילים ריכוזים גבוהים מאד של גורמי מחלות (=פתוגנים) שונים (וירוסים, חידקים, פרוטוזואה, תולעים), שמערכת העיכול באדם נוחה להתפתחותם וקיומם.
הטיפול בשפכים נעשה במתקן טיפול בשפכים (מט"ש), המבוסס בדרך כלל על החדרת אוויר ופירוק אירובי של מרכיבי השפכים. החומר המרחף שבשפכים, שלא התפרק בטיפול, עובר תהליכי שיקוע ומופרד כבוצה (Biosolids).מרבית הפתוגנים שלא נקטלו במהלך הטיפול מתרכזים בבוצה. מכאן, שלא ניתן ליישם בוצה בתהליכים מועילים, כגון דישון חקלאי, אלא לאחר שעברה תהליך להפחתת ריכוז הפתוגנים עד לרמה שאינה מסוכנת, הן למשתמש החקלאי והן לצרכן הסופי של הגידול החקלאי, במיוחד גידולי מזון. קיימות שיטות שונות לקטילת פתוגנים בבוצה: עיכול אנאירובי; עיכול אירובי; קרינה רדיואקטיבית; חימום ועוד.
ישנן גם דרכים משולבות, כגון עיכול תרמופילי, שבמהלכו נחשפים הפתוגנים לטמפרטורות גבוהות יחסית.
בשפכים עירוניים יש גם ריכוזים גבוהים של חנקן וזרחן, שגם הם מתרכזים בבוצה. ישום הבוצה כדשן חקלאי צריך לקחת בחשבון את צרכי הדישון של הצמח וגם שיקולים של מניעת זיהום קרקע ומי תהום, בעיקר בחנקן.גם מזהמים תעשייתיים, כגון מתכות כבדות או כימיקלים סינטטיים ,עשויים לשבש אפשרות לשימוש בבוצה, בפרט בערים שיש בהן תעשיית מתכת או תעשיה פרמצבטית או כימית אחרת.
לטיפול קונבנציונלי בבוצה אין כל השפעה על ריכוז המתכות, וגם לא על כימיקלים סינטטיים שונים שעשויים להימצא בה.
דרך המלך למנוע זיהום של הבוצה במזהמים תעשייתיים לא פריקים, ומכאן גם פסילת השימוש בה, היא בקרה קפדנית (הן מצד הרגולטור הממשלתי, המשרד להגנת הסביבה – והן מצד השלטון המקומי) על התעשיות באגן היקוות. זאת, כדי להבטיח עמידה בריכוזים המירביים המותרים בשפכי תעשיה, כפי שנקבעו בחקיקה.
ד"ר ישעיהו בר-אור, יעוץ סביבתי